MS-DOS konfigurowany jest za pomocą pliku CONFIG.SYS w którym znajdują się wszystkie polecenia ładujące sterowniki potrzebne do prawidłowego działania systemu. Windows 98 też posiada taki plik a jest nim system.ini. Plik system.ini można tak jak i CONFIG.SYS otworzyć za pomocą Notatnika i dokonać w nim potrzebnych wpisów.

Często pojawia się pytanie jak ustawić optymalnie plik wymiany (swap). Jednoznacznej odpowiedzi nie ma. Zaleca się aby wynosił on 2,5 razy pamięć RAM. Jednak przy 32 MB RAM'u reguła ta może się nie sprawdzić przy uruchamianiu gier lub programów do obróbki grafiki bo są to aplikacje bardzo pamięciożerne. Osobiście uważam, że aby wszystko grało suma pamięci RAM'u i pliku wymiany powinna wynosić około 300-350 Mb. Po za tym powinna być określona minimalna wielkość pliku wymiany bez maksymalnej. Aby tego dokonać należy zredagować plik system.ini. W tym przypadku interesuje nas sekcja [386 enh].